江戸幕府が開かれる（1603）までの「神田明神」は
海辺も近く鬱蒼とした森に囲まれた柴崎村（大手町）の
鎮守の神様として祀られていた小さな祠であったのであろう。
おそらく五穀豊穣や大漁祈願の祭が村の民によって行われていた事でしょう。
そして落穂集によると当時から参拝者も多く賑やかであったという。
また祭礼は舟祭の形式で毎年行われていたらしい。
徳川家康は慶長八年（1603）武蔵の国の江戸に江戸城を築城するにあたって
柴崎村（現大手町・平将門さまの首塚の地）の神田明神を神田山（駿河台鈴木町）へと移転させた。
二代将軍の徳川秀忠は元和二年（1616）に現在地である湯島台へと移し「江戸総鎮守」とした。
御祭神は、柴崎村時代には三神合殿
（天比理乃祥命・素戔鳴命［牛頭天王］・平将門命）
といわれるが定かではない。
湯島台の時代から明神様の御祭神は［平将門命］一神となり
牛頭天王は地主神として［素戔鳴命・奇稲田姫・八王子］の三殿が別に造られ
後にその三社の祭礼は江戸の三天王祭として
その本社神輿の渡御は神田、日本橋、京橋の町人に熱狂的に親しまれた。
御祭神が平将門命一座では不都合な風潮のもと
1700年以後の江戸時代の中期に一之宮［大己貴命（だいこくさま）］を奉祭したといわれるが
氏子の町人たちにとっては将門さまの明神さまに変わりはなかったようだ。
即ち、江戸時代の元禄期以後は一之宮［大己貴命］、二之宮［平将門命］の本社御祭神のもと
神田祭行列（本社神輿、山車、練り物、附け祭りなど）が江戸城へ入城し
将軍の上覧を得る「天下祭」として行われてきた。
明治維新後の明治七年に二之宮［平将門命］は
かつて天皇家に背いた朝敵であると本社から末社へと格下げされ
新たなる二之宮御祭神に常陸国磯前社より［少彦名命（えびすさま）］が奉祭された為に
氏子の町人たちはナント怒りにまかせ、その後十年間に亘って神田祭をやめてしまった。
明治七年に末社に格下げされてから110年後の昭和五九年（1984）
ついに［平将門命］は御祭神三之宮として復活され
昭和六二年には氏子の募金により旧来の神輿と同型の屋形造りの神輿（下の写真参照）も完成し
この年より神田祭は三神おそろいでの神幸祭となった。
